En juin 1990, le Conseil de sécurité de l'ONU approuvait à l'unanimité son plan de règlement pour mettre fin au conflit du Sahara, qui dure depuis 1975, et qui repose sur la tenue d'un référendum d'autodétermination, après avoir déterminé l’identification des personnes devant y participer. En avril 1991, la mission des Nations unies pour l'organisation d'un référendum au Sahara occidental, est formée. Cinq mois plus tard, un cessez-le-feu est annoncé entre le Maroc et le Front Polisario.
Mais le recensement a rencontré de grandes difficultés, notamment pour les critères de sélection des participants au référendum. Le Polisario avait insisté pour que seuls ceux qui étaient inclus dans le recensement espagnol de 1974 soient autorisés à voter, tandis que le Maroc a déclaré que ce recensement était erroné et qu'un certain nombre des Sahraouis ont fui l'occupation espagnole vers le nord du Maroc et doivent eux aussi voter.
L'échec du référendum
Les efforts de l'ONU pour parvenir à un consensus entre les deux parties n'ont pas abouti. En 1999, l'ONU avait identifié environ 85 000 électeurs, la plupart à l'ouest du Mur des sables. Au début du troisième millénaire, le processus était dans une impasse. Le secrétaire général de l'ONU demande alors pour la première fois aux parties de chercher d'autres solutions. Les résolutions du Conseil de sécurité sur le conflit commencent à se référer à la recherche d'une solution juste et durable convenue entre les parties au conflit, remplaçant ainsi le plan de règlement.
En 2007, le Maroc présente une nouvelle proposition pour mettre fin au conflit, soit le plan d’autonomie, dans laquelle l'État marocain conserve les principaux pouvoirs souverains, tandis que la province jouit de larges pouvoirs qui permettent à la population locale de gérer leurs affaires économiques, sociales et culturelles. De plus, les citoyens sahraouis seront impliqués dans la politique nationale intérieure et extérieure et bénéficieront de la solidarité nationale dans le domaine du développement.
La communauté internationale a salué à plusieurs reprises cette initiative, qui a été considérée comme une initiative sérieuse, crédible et réaliste. Cependant, l'Algérie et le Front Polisario ont annoncé leur rejet de la proposition marocaine, indiquant leur adhésion au plan de règlement que les Nations unies ont-elles-mêmes déclaré inapplicable.
Face à cette situation et à l'impossibilité de faire avancer le dossier, l'émissaire de l'ONU pour le Sahara de l’époque, le diplomate néerlandais Peter van Walsum, a annoncé en 2008 qu'il était parvenu à la conclusion selon laquelle l'option indépendantiste réclamée par le Polisario est «irréaliste» et que l'établissement d'un sixième État au Maghreb n'est pas possible.
L'Algérie, une «partie majeure au conflit»
Dans une note devant le Conseil de sécurité de l'ONU en avril 2008, il a appelé «les quinze pays membres du Conseil à recommander la poursuite des négociations, en tenant compte la réalité politique et la légitimité internationale». «Ce qui compte, c'est de trouver un compromis entre ces deux principes», a-t-il ajouté.
«J’ai ressenti le besoin de réaffirmer cette conclusion, qui est que l'indépendance du Sahara occidental n'est pas un objectif réalisable, car il semble que cette conclusion ait été occultée lors des négociations de Manhasset, bien que ce fait s'impose aujourd'hui et était la base de la série de négociations en cours actuellement.»
L'émissaire onusien a suggéré le retrait de la table des négociations du plan d’autonomie proposé par le Maroc et la demande d’autodétermination soumise par le Front de façon «temporaire». L’objectif étant de «négocier dans un cadre réel et sans conditions préalables» et sur la base d’une hypothèse selon laquelle il n'y aura pas de référendum menant à l'indépendance comme une option.
Le diplomate néerlandais a suggéré que les négociations à venir soient fondées sur le fait que le Conseil de sécurité n'obligerait pas le Maroc à organiser un référendum au Sahara mais que les Nations unies ne reconnaîtraient pas sa souveraineté sur le territoire sans un accord entre les deux parties.
Il a toutefois souligné que l'Algérie est une partie majeure au conflit. «La principale raison pour laquelle je trouve le statu quo intolérable, c'est que non seulement des parties désintéressées et des pays lointains y trouvent leur confort, mais aussi des parties partisanes inconditionnelles du Polisario, qui n'ont pas vécu elles-mêmes à l'intérieur des camps, mais qui sont convaincues que ceux qui y vivent préféreraient peut-être y rester en permanence, plutôt que d'aller vers une solution négociée qui ne soit pas une indépendance totale», a-t-il ajouté.
Des propos irritants pour l’Algérie et le Polisario
Le Maroc a qualifié à l’époque les déclarations de l'envoyé de l'ONU de «courageuses». Khaled Naciri, alors ministre de la Communication et porte-parole officiel du gouvernement, a déclaré que van Walsum «est parvenu à une conclusion courageuse et claire, à savoir que l'indépendance du Sahara est une option irréaliste car l'établissement d'un sixième État au Maghreb est une option suicidaire qui déstabiliserait» la région. «Cela conforte nos convictions et notre position constructive, a-t-il ajouté. Nous espérons que les Algériens, ainsi que le Front Polisario, se rendent compte qu'il est absurde de suivre le mirage d'un sixième Etat au Maghreb.»
En revanche, le chef du Front Polisario de l'époque, Mohamed Abdelaziz, a condamné «ces déclarations [qui] excluent automatiquement Van Walsum de sa mission d'envoyé personnel du Secrétaire général de l'Organisation des Nations unies pour le Sahara occidental et de médiateur et favorisent le retour des affrontements». «Ses propos ne représentent que sa personne et le privent de sa capacité de médiation, ce qui l'oblige à superviser les négociations qui appellent à la mise en œuvre des résolutions du Conseil de sécurité», a-t-il ajouté, notant que «Van Walsum aurait mieux fait d'encourager le dialogue et le respect du droit international, plutôt que de se contenter d'un soutien libre à la proposition du Maroc».
La presse algérienne s’est, pour sa part, attaqué au diplomate néerlandais, le qualifiant d’«agent» du Maroc et notant à son tour que «sa médiation est terminée».
En revanche, Zalmay Khalilzad, le représentant permanent des États-Unis, a déclaré que l'idée de Van Walsum «méritait d'être prise au sérieux».
Le 21 août 2008, le mandat de Peter van Walsum en tant qu'envoyé de l'ONU pour le conflit du Sahara prend fin, sans qu’il ne soit prolongé par le secrétaire général de l'ONU Ban Ki-moon. Il est alors remplacé par l'Américain Christopher Ross à partir du 1er juillet 2009.